Годунов был умен и осторожен, стараясь до поры до времени держаться в тени, но в последний год жизни Ивана Грозного обрел большое влияние при дворе. Вместе с Б.Я. Бельским он стал одним из приближенных людей царя. В связи с этим не вполне ясна роль Годунова в истории смерти Ивана IV, который, по свидетельству Д. Горсея, был удушен 18 марта 1584 года. Во всяком случае, именно Годунов и Бельский находились рядом с царем в последние минуты его жизни, они же с крыльца и объявили народу о смерти государя.
31 мая 1584 года в день коронации царя Фёдора I Борис Годунов был осыпан милостями: получил чин конюшего, звание ближнего великого боярина и наместника Казанского и Астраханского царств. Однако это отнюдь не означало того, что Годунов стал обладателем единоличной власти — при дворе шла упорная борьба боярских группировок Годуновых, Романовых, Шуйских, Мстиславских. Она не затухала и после того, как в 1585 году Борис Годунов по существу возглавил московское правительство.
Царь дарует Годунову золотую цепь.
Соборная площадь Кремля того времени.
Деятельность Годунова и его сподвижников была нацелена на всестороннее укрепление государственности. Благодаря его стараниям, в 1589 году в Москве был избран первый русский патриарх, которым стал московский митрополит Иов. Учреждение патриаршества свидетельствовало о возросшем престиже Московского царства. Во внутренней политике правительства Годунова преобладали здравый смысл и расчетливость. Развернулось небывалое строительство городов, крепостных сооружений. В 1585–1591 годах зодчим Фёдором Конем были возведены стены и башни московского Белого города протяженностью 10 километров, толщиной 4,5 метра и высотой от 6 до 7 метров.
По инициативе Годунова началось строительство крепостей в Диком поле — в 1585 году была построена крепость Воронеж, в 1586 году — Дивны. Для обеспечения безопасности водного пути от Казани до Астрахани строились города на Волге — Самара (1586), Царицын (1589), Саратов (1590). В 1592 году был восстановлен город Елец, в 1596 году построен город Белгород на Донце, а в 1600 году — Царёв-Борисов, немного южнее него. Началось заселение и освоение опустевших во время татарского ига земель к югу от Рязани (территория нынешней Липецкой области). В Сибири в 1604 году был заложен город Томск. В 1596–1602 годах было построено и одно из самых грандиозных архитектурных сооружений допетровской Руси — Смоленская крепостная стена для защиты западных рубежей Московского царства от Речи Посполитой, названная впоследствии «каменным ожерельем земли Русской».
В жизнь Москвы вошли неслыханные новшества, например, в Кремле был сооружен водопровод, по которому вода поднималась мощными насосами из Москвы-реки и по подземелью поступала на Конюшенный двор. Андрей Чохов отлил знаменитую Царь-пушку. В 1592 году на месте современного Садового кольца появилась еще одна линия московских укреплений, деревянно-земляное сооружение, прозванное за быстроту постройки «скородомом». Одновременно Годунов стремился облегчить положение посадских людей. С этой целью торговцы и ремесленники, проживавшие в «белых» (частновладельческих) слободах и платившие подати феодалам, были причислены к населению «черных» слобод, платившему налоги государству, Причем размер «тягла», взимавшегося со слободы в целом, был оставлен прежним, а доля отдельного горожанина в нем уменьшилась. В то же время хозяйственный кризис конца 1570-х — начала 1580-х годов вынудил Годунова пойти на установление крепостной зависимости, что в дальнейшем не лучшим образом сказалось на настроениях крестьянства и стало одной из причин антифеодального восстания 1602–1605 годов. Во внешней политике Московскому государству в ходе войны со Швецией 1590–1595 годов, что называется, без лишнего шума и пыли удалось вернуть города Ям, Ивангород, Копорье и Корела, потерянные в ходе неудачной Ливонской войны.
Наследником престола, однако, был младший брат царя Фёдора Дмитрий, сын седьмой жены Ивана Грозного Марии Нагой, который погиб 15 мая 1591 года при невыясненных обстоятельствах в удельном городе Угличе. Официальное расследование проводил боярин Василий Шуйский. Стараясь угодить Годунову, он свел причины случившегося к «небрежению» Нагих, в результате чего Дмитрий случайно заколол себя ножиком, играя со сверстниками. Царевич, по слухам, был болен «падучей» (эпилепсией). Позже в организации убийства Дмитрия обвинили Бориса Годунова. Во времена Романовых это утверждение стало чуть ли не официальной версией. Не исключено, что это было действительно так — Дмитрий был прямым наследником престола и мешал Борису в продвижении к нему.
После смерти Фёдора Иоанновича единственной близкой наследницей престола осталась троюродная сестра покойного Ивана Грозного Мария Старицкая, королева Ливонская, а в постриге инокиня Марфа (1560–1612). Попытки назначить правящей царицей вдову умершего царя Фёдора Ирину — сестру Бориса успеха не имели. Наконец, 27 февраля 1598 года Земский собор избрал царем самого Бориса Годунова и принес ему присягу на верность, а 1 сентября 1598 года он венчался на царство. Вместе с тем, как первый царь не из династии Рюриковичей и даже не из княжеского рода, Борис Годунов не мог не чувствовать шаткости своего положения. Тем более что претендентов на его место из числа родовитой московской знати было не счесть.