Иван IV понимал, в какие руки передает власть, поэтому поручил сына и государство заботам ближних бояр — И.Ф. Мстиславского, Н.Р. Захарьина-Юрьева, И.П. Шуйского и Б.Ф. Годунова, на сестре которого Ирине Фёдор был женат. Первые двое были людьми уже преклонных лет, поэтому основная борьба за власть разгорелась между Шуйским и Годуновым. Последнему удалось одержать верх, и уже спустя год после вступления Фёдора на престол он стать фактическим правителем страны.
Вскоре сменился и король Речи Посполитой. Стефан Баторий стремился к укреплению королевской власти, вел борьбу с магнатами, оказывал поддержку католическому духовенству и иезуитам в противостоянии реформационным движениям и развитию образования. Некоторое время он был союзником Турции, но затем участвовал в создании антитурецкой лиги. Из внутренних реформ, проведенных Стефаном Баторием, особого внимания заслуживает устройство запорожских казаков, которым он дал правильную организацию, наделил землями, позволил самим выбирать гетмана и все военное начальство, оставляя за королем лишь право наделения гетмана знаменем, «булавой» и печатью, а также утверждения его в этой должности после принятия присяги на верность. Желая восстановить не только политический, но и духовный мир в Речи Посполитой, Баторий старался достичь соглашения с диссидентами католичеству, причем не прибегал к насилию.
Фёдор I Иоаннович (1557–1598).
Сигизмунд III Ваза (1556–1632).
Управляя страной без знания языков своих подданных (король пользовался латынью), Стефан Баторий регулярно декларировал свою личную приверженность католицизму. При этом для осуществления своих многочисленных реформ он остро нуждался в грамотных исполнителях. Таких людей королю могла дать только эффективно работающая система школ, и ее он увидел у иезуитов. Первый иезуитский коллегиум на территории ВКЛ появился в Вильне в 1570 году. Второй Баторий учредил у себя на родине, в Коложваре, (Kolozsvar) в 1579 году, а в течение следующих 5 лет иезуитские коллегиумы появились в Люблине (1581), Полоцке и Риге (1582), Калише (1583), Несвиже и Львове (1584), а также в Дерпте (1586). Для основания коллегиумов в Гродно и Бресте тогда не хватило кадровых ресурсов у иезуитского ордена и времени жизни у самого короля. Кроме того, в 1579 году было упорядочено денежное обращение — главным платежным средством в стране стал польский грош.
В связи с преимущественно восточной направленностью внешней политики Стефана Батория важнейшим приоритетом для него стало развитие инфраструктуры государственного управления в границах Великого княжества Литовского. Собираясь перенести столицу Речи Посполитой в Гродно, а свою резиденцию в Старый замок этого города, перестроенный тогда в стиле ренессанс, Стефан Баторий активно поддерживал планы иезуитов по расширению образовательных учреждений на территории ВКЛ. Так, 1 апреля 1579 года он издает привилей о преобразовании Виленского иезуитского коллегиума в Академию и университет Виленский Общества Иисуса (Almae Academia et Universitas Vilnensis Societatis Jesu), а уже 30 октября 1579 года папа римский Григорий XIII специальной буллой подтвердил этот привилей. Виленский университет стал первым высшим учебным заведением такого типа на территории Восточной Европы. Вторым восточноевропейским университетом стал Дерптский (ныне Тартуский) университет, основанный шведским королем Густавом II Адольфом в 1632 году на базе бывшей иезуитской коллегии, тоже учрежденной во времена правления Стефана Батория. Не исключено, что именно его увлеченность делами Великого княжества Литовского ускорила уход этого короля в мир иной в сравнительно молодом возрасте. Стефан Баторий умер 12 декабря 1586 года в Гродно в возрасте 53 лет. А спустя год польским королем и великим князем Литовским был избран Сигизмунд III (в старобелорусской транскрипции Жигимонт III) Ваза, сын короля Швеции Юхана III и его жены Катерины Ягеллонки, ставший одним из главных действующих лиц Русской Смуты начала XVII века.
Со слов самого Ивана Грозного, Фёдор был «постник и молчальник, более для кельи, нежели для власти державной рожденный». В браке с Ириной Фёдоровной Годуновой этот царь имел всего одну дочь Феодосию 1592 г.р., которая прожила всего девять месяцев и скончалась в том же году. В конце 1597 года Фёдор I смертельно заболел, а 7 января 1598 года в час утра скончался. Со смертью Фёдора, в общем-то, доброго, но жалкого и убогого человека, не только пресеклась московская линия династии Рюриковичей (потомство Ивана I Калиты), но и завершилась целая эпоха, «прирожденных государей» на престоле. Причем имя царя Фёдора I стало особенно популярно в годы Смуты, когда каждый самозванец на московский трон так или иначе стремился стать либо его «родным братом», либо другим «близким родственником». Да и в народном сознании Фёдор оставил о себе добрую память как боголюбивый и милостивый государь. Хотя в этом, скорее, не его заслуга, а его шурина Бориса Фёдоровича Годунова, который уже с 1587 года являлся фактически единоличным правителем государства. Положение Бориса Годунова при царском дворе было столь значимо, что заморские дипломаты искали аудиенции именно у Бориса Годунова, так как его воля была законом. Фёдор царствовал, Борис управлял — это знали все и на Руси, и за границей.
По легенде, Годуновы происходили от татарского князя Чета, приехавшего на Русь во времена Ивана Калиты, а согласно государеву родословцу 1555 года — вели свое происхождение от Дмитрия Зёрна. Борис Годунов родился в 1552 году в семье помещика средней руки, но после его скорой смерти воспитывался в семье дяди Дмитрия Годунова. В годы опричнины Вязьма, где находились его владения, вошла в опричнину, а незнатный до того Дмитрий Годунов был зачислен в опричный корпус и вскоре получил при дворе высокий чин главы Постельного приказа. Выдвижение Бориса Годунова началось в 1570 году. Тогда он сам стал опричником и уже в 1571 году был дружкой на свадьбе царя с Марфой Собакиной. В том же году Борис женился на Марии Григорьевне Скуратовой-Бельской, дочери Малюты Скуратова. В 1578 году Борис Годунов становится кравчим, а еще через два года после женитьбы второго царского сына Фёдора на сестре Годунова Ирине Иван Грозный пожаловал Бориса званием боярина.