При таком расхождении во взглядах думать о возможности достижения соглашения между поляками и великолитовцами об объединении двух государств было затруднительно. Поляки это понимали. Решив действовать далее более эффективными административными средствами, они убедили короля Сигизмунда II Августа ускорить присоединение ВКЛ к Польше, используя для этого свою королевскую власть. Нельзя сказать, что Сигизмунд не любил свое княжество, но он видел его благополучие только вместе с Польшей, поэтому был на стороне поляков и защищал их интересы рьяно. На Варшавском сейме 1563–1564 годов, например, он подписал заготовленный польской стороной акт об отречении от всех своих наследственных прав на великокняжеский престол ВКЛ и о передаче этих прав польскому королю, что было внесено в конституцию (решение) сейма и объявлено в форме особой королевской декларации.
Послы и сенаторы Великого княжества Литовского, присутствовавшие на сейме, вынуждены были подписать его. Исключение составил князь Радзивилл Чёрный, который решительно не признал эту декларацию, так как справедливо видел в ней огромную угрозу независимости ВКЛ. Вскоре и другие государственные деятели княжества осознали это. Уже на Гродненском сейме 1568 года они подали королю письменные пожелания о сохранении самостоятельности Великого княжества Литовского, однако король не согласился с их предложением и увещевал литвинов пойти на присоединение к Польше. Послы ВКЛ настаивали на своем мнении, поэтому король пообещал рассмотреть принципы объединения ВКЛ с Польшей на предстоящем сейме в Вильне, хотя сразу после Гродненского сейма оповестил, что очередной сейм состоится в Люблине.
Королевские грамоты о созыве Люблинского сейма были разосланы в конце октября 1568 года, а его открытие первоначально назначалось на 23 декабря 1568 года, но сейм открылся 10 января 1569 года, собрав около 160 послов и сенаторов из Польши и Великого княжества Литовского. Маршалком сейма послы избрали поляка — дрогичинского старосту Станислава Сендивого Чарнковского. При открытии сейма он восхвалял короля и польский народ, а затем перешел к унии и просил короля завершить наконец дело объединения двух государств в одно тело. В том же духе выступили краковский архиепископ и сам король. С малыми перерывами заседания сейма продолжались до 12 августа 1569 года.
С первых дней на сейме развернулась горячая дискуссия между сторонниками безусловной инкорпорации ВКЛ в состав Польского королевства и их противниками из числа великолитовских послов, выступавших за федеральное объединение земель и равное участие шляхты обеих стран в делах государственного управления. Главными ораторами от делегации Великого княжества Литовского выступали воевода Вильни Николай Радзивилл Рудый и судебный исполнитель Ян (Иван) Иеронимович Ходкевич. Во время совещания между польскими сенаторами и литовскими членами совета вельмож Ходкевич, в частности, сказал: «Наши народы (т. е. литовцы и русские) и мы (т. е. члены совета вельмож) — честные и достойные люди, а что касается наших свобод, то мы равны любому другому народу, включая и вас, господа поляки. Нам бы не хотелось заключать унию, прежде чем мы установим добрый порядок в нашем содружестве и покажем вам, что вы заключаете союз с друзьями, равными вам по достоинствам и внутреннему устройству. В первую очередь мы должны решить этот вопрос с нашим собственным государем (т. е. Сигизмундом Августом как великим князем Литовским). Только после этого мы будем рады обсудить унию с вами. Король (т. е. Сигизмунд Август как король Польши) ничего в вопросе об унии не решает. Это исключительно наше дело, поскольку мы свободные люди и христиане. Никто не может вести наших дел, кроме нас самих, как это делали наши предки».
Защита автономии ВКЛ Ходкевичем и Радзивиллом сильно разгневала поляков. Как отмечает автор «Дневника» сейма, «такие беседы приносили больше взаимного раздражения, чем результатов». Положение литвинов действительно было серьезным, поскольку большинство поляков не желало идти на какие-либо уступки, а сложная военная и дипломатическая ситуация диктовала необходимость немедленного соглашения с ними. 29 января Николай Радзивилл сказал с горечью: «Когда мы уезжали на сейм, враг (т. е. московиты) был у нас за спиной. Мы мечтали о том, что уния с вами будет скреплена взаимной любовью. Мы почти бежали сюда, чтобы заключить ее, в то время как наши праотцы в таких же случаях обычно ходили медленно».
Чтобы выйти из тупика, в феврале 1569 года король приказал послам ВКЛ прекратить их сепаратные совещания и провести общее заседание с поляками. Вместо этого литовско-русские вельможи решили бойкотировать дальнейшие собрания. Под предводительством Кшиштофа Радзивилла (протестант) и киевского князя Константина Острожского (православный) они один за другим стали разъезжаться по домам. Делегаты от литовской шляхты в основном последовали за ними. Перед отъездом белорусско-литовские послы передали королю свои условия унии. Кратко они сводились к следующему: Великое княжество Литовское и Польша будут иметь общего государя, избранного на съезде послов от этих двух государств в равном числе. Избранный король коронуется в Кракове, а затем в Вильне, при этом и там и там подтвердит права каждого государства, возглавляемого им. Оба народа будут иметь общие сеймы, созываемые раз в Польше и раз в ВКЛ по очереди. При этом Великое княжество Литовское и Польша будут иметь и свои отдельные сеймы, свои сенаты, свои государственные печати, а ВКЛ сохранит свою территориальную собственность — поселения поляков в княжестве допускаются, но на чины и должности могут претендовать только его коренные граждане. Были и другие, менее важные пункты.