23 октября 1655 года князья Семён Урусов и Юрий Барятинский вышли с войском из Ковно к Бресту. В 150 верстах от него на Белых Песках они нанесли поражение посполитому рушению местной шляхты. 13 ноября князья подошли к Бресту, но литовский гетман Павел Сапега вынудил Урусова отступить от Бреста. Тот стал лагерем в 25 верстах от города в деревне Верховичи, где вновь произошло сражение. На этот раз военная удача улыбнулась князьям Урусову и Барятинскому, которые, казалось бы безнадежной и самоубийственной, атакой своих войск смогли обратить превосходящие силы противника в бегство, но сами были тоже серьезно ослаблены и отошли к Вильне. Таким образом, к концу 1655 года вся Западная Русь, кроме Львова и Бреста, оказалась под контролем московско-украинских войск, которые вышли на линию Ковно — Гродно — Брест, что стало пиком их успеха в течение всей этой войны.
На данном этапе войны к православным белорусам московское войско и казаки относились более-менее терпимо, что и предопределило переход в московское подданство многих русскоязычных городов и поветов ВКЛ. Но о евреях и католиках этого сказать нельзя — им доставалось, что называется, по полной программе. Раввин Моше Ривкес писал: «Шайки русских и казаков рассыпались по всей Литве, завоевали Полоцк, Витебск, Минск и разоряли города. Казаки истребляли евреев массами и грабили их имущество. Когда страшное войско подошло к воротам Вильни… оттуда бежала почти вся еврейская община. Не успевших убежать перебили, а в пожаре, который бушевал в городе семнадцать суток, сгорел весь еврейский квартал. Когда же беглецы вернулись в Вильню, то там свирепствовали эпидемии и голод, поэтому многие от отчаяния покончили жизнь самоубийством. Местные мещане просили русского царя окончательно изгнать евреев из города, и царь Алексей Михайлович в своей грамоте предписал: „Жидов из Вильны выслать на житье за город“».
Затем, после долгой осады, был взят город Люблин. В праздничный вечер казаки подожгли синагогу, когда в ней было много молящихся, и во время пожара в еврейском квартале убили сотни человек. Произошло это в праздник Суккот, и долгие годы затем этот праздник для люблинских евреев был днем памяти и плача. В городе Быхове в Белоруссии казаки убили триста евреев, затем «огнем и мечом» разорили Пинскую общину и весь Пинский округ. Когда войско Богдана Хмельницкого и Ф.В. Бутурлина осадило Львов, Хмельницкий потребовал от жителей этого города выдать ему евреев. «Евреи, — писал он магистрату города, — как враги Христа и всех христиан должны быть выданы нам со всем своим имуществом, с женами и детьми». Но взять Львов за всю войну так и не удалось. Кстати, обороняли его все сословия, невзирая на свою национальную и конфессиональную принадлежность. Доставалось и белорусским городам. Как и во Львове, защищая родину, вместе с белорусами на городских стенах Быхова, Слуцка, Несвижа и других городов мужественно стояли евреи, католики и представители других конфессий.
Гравюра Львова середины XVII века.
Слуцк, например, так и не был ни разу взят за всю 13-летнюю войну Алексея Михайловича, хотя боевые действия велись в основном на территории Беларуси. Причины такого упорства объяснимы: после взятия городов ВКЛ московскими войсками их укрепления и замки, как правило, срывались, а население в значительной мере либо уничтожалось, либо уводилось в плен. Например, в Гродно был разрушен Старый замок, построенный при Витовте и перестроенный при Стефане Батории. Первую столицу ВКЛ — город Новогрудок московские войска брали дважды, поэтому от посада и замка там остались одни руины, а сам город никогда более не оправился от этого нашествия. Немало пострадали Минск, Борисов, Пинск, Туров, Орша, многие другие белорусские города поменьше, не говоря уже о многострадальном Гомеле.
Вообще, облик почти всех белорусских городов в результате этой войны был изменен почти до неузнаваемости. Первоначально незначительно пострадали только Полоцк, Витебск и Могилёв, жители которых присягнули царю добровольно. Военную разруху довершила эпидемия чумы, самая крупная в XVII веке на территории ВКЛ и Московского царства. Она волнами прошла сквозь города и поветы Великого княжества Литовского дважды, сначала с востока на запад, а после — с запада на восток. Кроме того, эпидемию сопровождал ужасный голод. «Господь Бог допустил в воеводстве Минском, в различных местах и в моем доме огромное количество полевых мышей, так что хлеб, сначала на полях, а потом в копнах, амбарах и гумнах, они ужасно портили. За сим попущением Божиим тотчас наступил голод, который продолжался до уборки хлеба 1657 года: люди ели кошек, собак, всякую падаль, напоследок резали людей, и тела их ели, не давали покоя в гробе человеческим трупам. Это все я, ничтожный человек, видел собственными глазами», — писал в те годы Ян Цедровский.
Сколько людей в Великом княжестве Литовском погибло в результате интенсивных военных действий, а сколько от чумы, сказать невозможно — в условиях войны такая статистика не велась. А вот потери от чумы в Московском государстве, где никаких боевых действий не было и текла мирная жизнь, известны. Писцовые и переписные книги отмечают колоссальные потери населения, вызванные этим бедствием. К примеру, в Чудовом, Вознесенском и Ивановском монастырях умерло от 70 до 87 % монахов. Калуга потеряла 70 % своих жителей, Торжок — 26,4, Кашин — 26,6, Тула — 70,4, Переяславль Рязанский — 85,6, Углич — 45,9, Суздаль — 45,8, Переяславль-Залесский — 79,4 %. В самой Москве количество умерших на «боярских дворах» доходило до 95 %, например, у Б.И. Морозова умерло 343 человека, а осталось 19, у А.Н. Трубецкого умерло 270, осталось 8. По рассказам толмача, прибывшего к антиохийскому посольству, будто бы от «морового поветрия» в Московском царстве умерло 480 000 человек. «Многие жители из городов бежали в поля и леса, но из них мало кто остался в живых». Таким образом, потери от «морового поветрия» в Московском государстве были ужасные. На дорогах стояли кордоны, которые не пропускали в города посторонних, чтобы хоть как-то попытаться воспрепятствовать заразе. Но тщетно. Мор в равной степени косил и ратников, и жителей, не разбирая ни национальности, ни вероисповедания.