После венчания Ивана IV на царство в январе 1547 года его родня (Глинские) обрела большое влияние, но в государстве было неспокойно. Противостояние боярских кланов продолжалось, а 1547 год был к тому же насыщен пожарами. В апреле сгорела часть Китай-города, через неделю кварталы за рекой Яузой. В конце июня заполыхала почти вся остальная Москва. В течение двух дней горели Арбат и Кремль, сохранившаяся ранее часть Китай-города, Тверская;, Дмитровка, Мясницкая и другие городские районы. В выгоревшей 100-тысячной Москве было найдено свыше 3700 обгорелых трупов. По городу поползли слухи, будто его спалили колдовством Глинские. С подачи их соперников (царского духовника Бармина, боярина Федорова-Челяднина, князей Скопина-Шуйского, Тёмкина-Ростовского, Нагого и Захарьина) утверждалось, что княгиня Анна Глинская якобы разрывала могилы и вырезала сердца покойников, а высушив их, толкла в порошок и сыпала в воду, которой потом окропляла улицы и дома. Собравшаяся на Соборной площади Кремля после пожара толпа растерзала родственника царя Ю.В. Глинского, после чего сожгла и разграбила сохранившиеся дворы этого рода. 29 июня бунтовщики явились к Ивану IV в село Воробьёво и потребовали выдачи остальных Глинских. С большим трудом толпу удалось убедить, что их в Воробьёве нет.
Едва опасность миновала, царь приказал арестовать главных заговорщиков и казнить их, но восстание привело к падению рода Глинских, а юный правитель убедился в разительном несоответствии его представлений о власти с реальной действительностью. А посему рьяно взялся за государственные реформы и укрепление самодержавия. Именно в то время появился священник Сильвестр, «опустивший царя с небес на землю». Начиная с 1549 года вместе с Избранной радой (А.Ф. Адашев, митрополит Макарий, князь А.М. Курбский и протопоп Сильвестр) Иван IV осуществил ряд реформ, направленных на централизацию государства: Земскую и Губную реформы, ряд преобразований в армии. В 1549 году был созван первый Земский собор, в 1550 году — принят новый Судебник, ужесточивший правила перехода крестьян от помещика к помещику, в 1555–1556 годах — отменены кормления и принято Уложение о службе. Судебник и царские грамоты предоставляли крестьянским общинам право самоуправления, раскладки податей и надзора за порядком.
Иван Грозный запретил въезд на территорию Московского государства еврейских купцов. Когда же в 1550 году Сигизмунд Август II потребовал отменить этот запрет, Иоанн IV отказал ему в таких словах: «В свои государства Жидом никак ездити не велети, занеже в своих государствах лиха никакого видети не хотим, а хотим того, чтобы Бог дал в моих государствах люди мои были в тишине безо всякого смущенья. И ты бы, брат наш, вперед о Жидех к нам не писал», так как они русских людей «от христианства отводили, и отравные зелья в наши земли привозили, и пакасти многие людям нашим делали».
С целью устроить типографию в Москве царь обратился к датскому королю Кристиану II с просьбой выслать книгопечатников, и тот прислал в 1552 году в Москву через Ганса Миссингейма Библию в переводе Лютера и два лютеранских катехизиса. В начале 1560-х годов Иван Васильевич произвел знаковую реформу государственной сфрагистики. С этого момента в Московском царстве появляется устойчивый тип государственной печати — впервые на груди древнего двуглавого орла стал изображаться всадник — герб князей Рюрикова дома, изображавшийся до того отдельно. Новая печать скрепила договор с Датским королевством от 7 апреля 1562 года.
Весьма значимыми были преобразования и в военном деле. Основу вооруженных сил теперь составляло конное ополчение землевладельцев. Помещик или вотчинник должен был выходить на службу «конно, людно и оружно». Поскольку управление дворянским войском тогда чрезвычайно усложнялось обычаем местничества, на основе которого перед каждым походом (а иногда и в походе) происходили затяжные споры («С кем кого ни пошлют на которое дело, ино всякой разместничается», — отмечал в 1550 году Иван IV), то в 1550 году «избранная тысяча» московских дворян получила поместья в пределах 60–70 км от Москвы, а «Приговор о местничестве» того же года предписывал несение воинской службы «без мест». Это способствовало значительному укреплению дисциплины в войске, повышению авторитета воевод, особенно незнатного происхождения, и улучшению боеспособности московских вооруженных сил, хотя нововведение встретило большое сопротивление родовой знати, так как принцип занимать высшие посты в армии родовитыми княжатами и боярами тем самым нарушался.
Московские стрельцы.
Московская поместная кавалерия.
Кроме дворянского ополчения существовали служилые люди «по прибору» (набору): городская стража, артиллеристы, стрельцы. Сохранялось и ополчение крестьян и горожан — посоха, несшее вспомогательную службу. Стрелецкие части были учреждены в 1550 году и представляли собой постоянное пешее войско, вооруженное пищалями, бердышами и саблями. Эти войска были полурегулярными — стрельцы самостоятельно вели хозяйство, но государственное жалованье они тоже получали. Стрелецкие части вооружались новейшим оружием и организационно делились на московских и городовых, отдельно выделялись стремянные стрельцы. Командирами стрелецких частей назначались «дети боярские», обычно представители знатнейших родов и верхи Государева Двора. Оценки общей численности стрельцов колеблются от 10 тысяч до 25 тысяч человек. Со временем организационное строение стрелецкого войска было распространено и на все остальные войсковые части.