Теперь тяжелые времена наступили уже для Москвы, так как замирение с казаками позволило Речи Посполитой возобновить боевые действия против московских войск. Трансильванская армия Ракоции получила отпор, а 22 июля 1657 года и вовсе капитулировала у Черного Острова в Подолье. В Пруссии войска ВКЛ основательно прижали курфюрста Бранденбургского. Отряды гетмана Гонсевского пытались соединиться в Литве с отрядами казаков, принявших сторону Выговского, но этому воспрепятствовал князь Юрий Долгоруков, нанесший поражение Гонсевскому в битве у села Верки (под Вильней) 8 октября 1658 года. В результате Гонсевский был пленен, а сторонники Выговского в Великом княжестве Литовском потеряли всякое влияние. Тем не менее гарнизоны московских войск в большинстве городов ВКЛ были осаждены (Ковно) или блокированы.
В кампании 1658 года против Швеции московские войска продолжили контрнаступление. Пятитысячный отряд князя И.А. Хованского овладел Ямбургом и подошел к Нарве. Но в феврале 1658 года Дания, являвшаяся главным союзником Алексея Михайловича, прекратила военные действия и подписала со Швецией мирный договор, что позволило шведам активизировать свои действия против московских войск. Губернатор Нарвы Густав Горн перешел в контрнаступление, сковал отряд Хованского под Нарвой и отбил обратно Ямбург с Ниеншанцем. Несмотря на отдельные неудачи, тактика «выжженной земли», используемая московскими войсками, усугубленная моровым поветрием и подкрепленная превосходством царских войск «полковой службы», поставила шведов в Эстляндии в критическое положение. Это позволило прекратить боевые действия со Швецией, а 20 декабря 1658 года было заключено Валиесарское перемирие с ней сроком на три года. Согласно этому перемирию Московское государство удержало за собой часть завоеваний в Ливонии (с городами Дерпт и Мариенбург), но ненадолго. После истечения срока этого перемирия и во избежание одновременной войны со Швецией и Польшей Москве в 1661 году пришлось подписать Кардисский мирный договор, по которому она отказывалась от всех своих завоеваний 1656–1658 годов в Прибалтике в пользу Швеции. Единственным позитивным результатом этой войны стало то, что по ее итогам в московском войске было увеличено количество полков нового строя. В частности, произошли серьезные изменения в личном составе конницы: дворяне сотенной службы массово, переводились в рейтарские полки.
На польско-литовском фронте ситуация тоже складывалась непросто. В войне со Швецией московское войско было ослаблено, а Речь Посполитая получила время, сумела собраться с силами и перейти в контрнаступление. Этот феномен, безусловно, требует отдельного исследования, так как, казалось бы, полностью разгромленная и разоренная страна за невероятно короткий срок не только сумела встать на ноги, но и отбросить своих грозных противников в лице Швеции и Московского царства почти на исходные позиции, Такое не бывает случайным, и объяснение здесь может быть только одно — жизненные силы шляхетской республики тогда еще оказались значительными. В немалой степени потому, что не только шведские войска в Польше, но и московские войска на православных землях ВКЛ чем дальше, тем больше вели себя как завоеватели. Вот почему присягнувшая на первых порах в верности московскому царю православная шляхта Великого княжества Литовского достаточно быстро дала обратный ход. А оснований для этого хватало. Кстати, не только в Беларуси, но и на Украине и в Литве также.
Ведь если беспристрастно посмотреть на «освободительный поход тишайшего» царя Алексея Михайловича против ВКЛ 1654–1667 годов, то придется признать, что таковым он не был. Многочисленные факты и цифры, приведенные немалым количеством белорусских, украинских, польских и некоторых российских историков, убедительно доказывают завоевательные цели этой войны и весьма печальные ее последствия для будущего белорусских и украинских земель. Так, белорусский этнос, например, в ходе названной войны понес чудовищные потери — более половины населения! Для ВКЛ бедствия того времени сравнимы с последствиями Тридцатилетней войны в Германии, опустошившей ее земли в середине XVII века. Проехавший по белорусскому Понемонью в конце 1655 года ковенский земский судья Стэфан Медекша писал, что тут везде «трупов на дорогах полно, деревни, местечки, избы сожжены, бедную хатку трудно найти целой».
Минский повет, согласно отчетам самих же московских воевод, уже в 1656 году был «весь пуст и выжжен», а крестьяне разбегались кто куда, чтобы не умереть с голоду. В Койданово (современный Дзержинск) в то время было «мещан и крестьян… только дымов со двести… и те все пограблены, разорены до остатку», а жители жаловались, что умирают от голода. Шкловский повет в 1658 году был настолько опустошен, а «села и деревни позжены», что войско царского воеводы Долгорукого, получившего приказ стоять на Шкловщине, вынуждено было отходить к Смоленску, чтобы хоть как-то прокормиться. Та же картина наблюдалась на Друйщине, где похозяйничали казаки, равно как почти во всей восточной и центральной Беларуси, населенной преимущественно православными, которых их «восточные братья-освободители» на практике повсеместно превращали в своих крепостных. Западным землям Беларуси и собственно литовским землям повезло немного больше, поскольку по целому ряду объективных и субъективных причин от «восточных братьев» они пострадали несколько меньше.
В общем, «защищало» войско московского царя своих единоверцев от гонений со стороны «латинян» и «униатов», как со времен оных утверждает официальная российская историография, своеобразно. Более того, именно православные крестьяне и мещане восточных земель ВКЛ первыми поднялись на борьбу с захватчиками. Во всех здешних поветах появились многочисленные партизанские отряды, нападавшие на гарнизоны царских войск и на казаков гетмана Хмельницкого, уничтожавшие фуражиров и обозы противника, перерезавшие важнейшие коммуникации. Их действия нередко поддерживало местное православное духовенство. Некоторое время «шиши» (так называли партизан ВКЛ в московских донесениях) являлись единственным противником оккупационных войск, поскольку армия Речи Посполитой была разбита, а позже вела борьбу на два фронта — с севера наступали шведы. Так, 18 ноября 1654 года отряд Якима Потапова, имевший в своем составе 15 шляхтичей и более 300 крестьян, отважился даже деблокировать осажденный Мстиславль. Таким образом, первые партизаны Речи Посполитой появились отнюдь не в Польше, равно как и воевали они не против шведов.