Главную роль в Речи Посполитой играла шляхта. Другие сословия никаких политических прав не имели. ВКЛ после Люблина выступило против польской программы создания унитарного государства, поэтому обе части Речи Посполитой имели относительную самостоятельность, ограниченную лишь деятельностью единого польского короля и сейма Речи Посполитой. Не было общих министров по внутренним и внешним вопросам, единого судебного учреждения. Не была ликвидирована граница между ВКЛ и Польшей, не была введена единая денежная единица. Статут 1588 года запретил иноземцам приобретать земли и поместья в княжестве, а также должности. Однако процесс ополячивания шляхты ВКЛ через приобщение ее к польским шляхетским вольностям шел. В многонациональном Великом княжестве Литовском с течением времени сформировалась новая общность — народ шляхетский, состоящий из шляхты, объединенной едиными правами и привилегиями, единой религией (католицизмом) и польским языком.
Роковую услугу в деле присоединения Великого княжества Литовского к Польше оказали и Ливонская война Московского государства с ВКЛ, начавшаяся из-за Ливонии и Смоленска. В этой войне московское войско опустошило северную часть Беларуси до самой Вильни. Поляки злорадно следили за ходом военных действий и радовались тому, как их союзник истекает кровью. Расчет был прост — чем больше воеводы Великого княжества Литовского потеряют сил в войне, тем менее они будут опасны в деле присоединения их государства к Польше. Поляки стали немного помогать ВКЛ лишь тогда, когда заслышали в московских речах притязания на Киев, Волынь, Подолию и даже Галицию, но помогали плохо, показывая больше задор, чем усердие и умение. Истомленное войною Великое княжество Литовское и Русское предложило Ивану Грозному мир, уступая Москве Полоцк и Смоленск. Но Иван IV отказал послам ВКЛ в присутствии своих бояр словами: «За королем наша вотчина извечная: Киев, Волынская земля, Полоцк, Витебск и многие другие города русские, а Гомель отец его взял у нас во время нашего малолетства: так пригоже ли с королем теперь вечный мир заключать?» Война продолжалась, но желанного результата Ивану Грозному она не принесла. Впоследствии поляки откровенно говорили, что московско-литовская война пригнала Великое княжество Литовское к унии с Польшею, то есть Москва помогла полякам забрать это княжество себе, что в конце концов привело к огромным бедам и в самом Московском государстве, вылившись в длительную и крайне разорительную смуту всех против всех.
В 1572 году в Варшаве умер бездетный польский король Сигизмунд II Август. С его кончиной в Польше прервалась династия Ягеллонов. Выборы нового короля затянулись на четыре года. В 1573 году на польский престол был избран Генрих III Валуа, но правил он номинально, а через год и вовсе сбежал из страны. Безвластие и политическая анархия в Речи Посполитой временно облегчили Москве борьбу за Прибалтику. В этот период московская дипломатия проведет активную работу с целью провести на польский престол московского царя. Кандидатура Ивана Грозного пользовалась определенной популярностью в среде мелкого шляхетства, которое было заинтересовано в нем как правителе, способном покончить с засилием крупной аристократии. Кроме того, литовско-русская знать ВКЛ надеялась с помощью Грозного ослабить польское влияние. Многим в Литве и Польше импонировало сближение с Московским государством для совместной защиты от экспансии Крыма и Турции.
В свою очередь Варшава видела в выборе Ивана Грозного удобную возможность мирного подчинения Московского государства и открытия его границ для польской дворянской колонизации, как это уже случилось с землями Великого княжества Литовского на условиях Люблинской унии. А Иван IV, наоборот, добивался польского престола прежде всего для мирного присоединения к Московскому царству Киева и Ливонии, с чем Варшава категорически не соглашалась. Трудности соединения столь полярных интересов привели в конечном счете к провалу московской кандидатуры. В 1576 году польским королем был избран трансильванский князь Стефан Баторий, человек образованный (закончил Падуанский университет) и решительный. Этот выбор разрушил надежды московской дипломатии на мирное решение ливонского спора. Параллельно правительство Ивана IV вело переговоры с австрийским императором Максимилианом II, стремясь добиться от него поддержки в расторжении Люблинской унии и разъединении Литвы с Польшей. Но Максимилиан отказался признать права России на Прибалтику, и переговоры окончились безрезультатно.
Впрочем, Стефан Баторий тоже не встретил единодушной поддержки в стране. Часть областей, прежде всего Данциг (Гданьск), отказались его безоговорочно признавать. Воспользовавшись вспыхнувшей на этой почве смутой, Иван IV попытался пока не поздно присоединить южную Ливонию. Летом 1577 года войска московского царя и его союзника короля Ливонии Магнуса (датский принц из Ольденбургской династии, был женат на двоюродной племяннице Ивана Грозного Марии Владимировне, княжне Старицкой, вассал Ивана IV с 1570 года) нарушили перемирие с Речью Посполитой и вторглись в подконтрольные ей юго-восточные районы Ливонии. Немногочисленные воинские части ВКЛ гетмана Ходкевича не решились вступать в бой и отошли за Западную Двину. Не встречая сильного сопротивления, войска Ивана Грозного и Магнуса к осени того же года овладели основными крепостями в юго-восточной Ливонии, Таким образом, вся Ливония к северу от Западной Двины (за исключением районов Риги и Ревеля) вновь оказалась под контролем московского царя.