Кроме того, благодаря своему праву патронажа король обладал обширными полномочиями в церковной администрации. Право патронажа тогда существовало в практике всех римско-католических государств Европы, включая Польшу. Но необычность ситуации в отношении православной церкви в ВКЛ заключалась в том, что это право принадлежало суверену иного религиозного вероисповедания и приводило к разнообразным злоупотреблениям.
Патронаж над приходскими церквями и монастырями осуществлялся не только королем, но также дворянами и городами.
Первоначально право патронажа над конкретной церковью или монастырем принадлежало тому феодалу или городу, кто выстроил эту церковь (или монастырь). Чтобы обеспечить жизнедеятельность такой церкви или монастыря, патрон часто даровал им земельные угодья, но сохранял за собой право выбирать настоятеля (или аббата). Частные основатели православных монастырей и церквей, как правило, сами были тоже православными, да и короли с великими князьями первоначально часто основывали православные монастыри с целью поддержки колонизации определенных земель, например в Галиции и Южной Украине. Однако пользование земельными угодьями, которыми наделялись монастыри или церкви, было подчинено общим законам страны. Поэтому такое угодье, включая расположенный на его территории храм, запросто могло быть заложено, продано или обменяно на другое, причем новый его владелец вместе с землей приобретал и право патронажа над церковью. Так что неправославный человек нередко становился патроном православного монастыря или церкви.
Назначенные королем высшие должностные лица западнорусской православной церкви — митрополиты тоже были далеки от идеала. Так, из пяти митрополитов в период между 1534–1585 годами один был обязан королеве Боне, так как получил свою епархию благодаря ее вмешательству. Другой был почти неграмотным, еще один — двоеженцем. Во многих случаях митрополиты ссорились с епископами, причем обе стороны, жалуясь королю, давали ему дополнительные поводы вмешиваться в дела церкви. Из всех митрополитов, действующих в названные годы, лишь один был хорошим администратором, достаточно умело обеспечивая материальные потребности церкви. Но и только! Никто из названных митрополитов не стал духовным лидером верующих.
Загнивание западнорусской православной иерархии, правда, не означало, что сама эта церковь тоже умирала. Среди приходских священников, монахов и прихожан было много добросовестных христиан и честных людей. Количество членов православной общины постоянно росло, а процентное отношение приходов к количеству верующих, особенно в сельских районах, было даже выше, чем в Московской Руси того периода. Но так как в церковной иерархии ВКЛ царила полная неразбериха, то православие в Литовской Руси поддерживалось, как правило, мирянами, стремившимися защитить свою веру и просвещение. Активными поборниками православия были и многие вельможи. В частности, князья Острожские и Ходкевичи, а также объединения горожан, известные как братства.
Вполне вероятно, что усилия католиков подчинить западно-русскую церковь папе привели бы к навязыванию церковной унии гораздо раньше, чем это произошло на самом деле. Но случилось так, что в середине XVI века власть католической церкви над Польшей и ВКЛ на некоторое время ослабла под напором быстрого распространения протестантизма. Протестантские течения впервые проникли на эти земли из Чехии еще до начала Реформации Лютера в Германии, в основном через евангелическую общину «чешских братьев». Но следом пришли уже идеи немецкой Реформации. Этому здорово способствовало то, что многие польские и литовские дворяне посылали своих сыновей на обучение в немецкие школы и университеты, а сами студиозусы жадно внимали новым веяниям. Другой причиной стала секуляризация Тевтонского ордена в Пруссии (1525) и его «филиала» в Ливонии. Во всяком случае, когда прежний великий магистр Альбрехт отказался подчиняться папе и стал светским герцогом Пруссии, он одновременно превратился в вассала польского короля.
В результате после 1550 года вельможи ВКЛ массово увлеклись кальвинизмом. Во многом по примеру могущественного государственного деятеля княжества Николая Радзивилла Чёрного, который в 1553 году отрекся от католицизма и принял кальвинизм, после чего чрезвычайно активно участвовали в кальвинистском движении. Его примеру последовали многие другие магнаты и шляхтичи, что придало кальвинизму значительный вес в среде панов-рады. В 1564 году кальвинистом стал еще один известный Радзивилл — Николай Рудый (Рыжий), первоначально тоже католик. Примерно в то же время отрекся от православия и принял кальвинизм Ян Иеронимович Ходкевич, а из других князей русского происхождения в кальвинизм был обращен Семен Пронский (выходец из рязанской ветви Рюриковичей), изменивший свое имя на Фредерик. Основным проводником протестантизма в форме социнианства был еще один магнат ВКЛ белорусского происхождения — Ян Кишка.
Пользуясь патронажем вельмож, протестанты Великого княжества Литовского стали открывать много церквей и молельных домов, основывать школы, издавать книги. Примечательно, что первой книгой, выпущенной на литовском языке, был перевод «Катехизиса» Мартина Лютера (изданный в Кенигсберге в 1547 г.). Николай Чёрный содействовал переводу на русский язык кальвинистского катехизиса Сымона Будного, который был издан в 1562 году в Несвиже под названием «Катехизис для простых людей языка русского». Он же субсидировал издание польского перевода Библии, подготовленного социнианами (Брест, 1563 г.), а девять лет спустя польского перевода Библии, выполненного Сымоном Будным, тоже вышедшей в Несвиже. Протестанты открыли несколько средних и начальных школ, к примеру, в Новогрудке, Несвиже, Ковно и Витебске. Среди социнианских учебных заведений была средняя школа, открытая братьями Гойскими в Гоще (Волынь). Именно в этой школе в 1602–1603 годах изучал латынь Лжедмитрий I.